O After Effects e outro software da Adobe com o qual está integrado fornecem vários meios diferentes para diversos processos de automação.

É possível automatizar o processamento de imagem e animação no After Effects com expressões, scripts e plug-ins. É possível automatizar a renderização com aerender, renderização de rede e ações de pós-renderização. Você também pode automatizar algumas tarefas usando scripts de automação de fluxo de trabalho no Adobe Bridge. Como é fácil trocar dados entre o Photoshop e o After Effects, você pode usar macros, ações, droplets e scripts no Photoshop para automatizar o processamento de imagens para usar no After Effects.