Stejně jako verze Flash CS5 i aplikace Animate podporuje formát souborů XFL, a to jako komprimovaný typ souboru .fla i jako nekomprimovaný typ souboru .xfl. Aplikace Animate také dále podporuje otevírání souborů naposledy uložených ve starších verzích této aplikace. K podporovaným typům souborů, které lze otevřít, patří nejen soubory XFL uložené v aplikaci Flash CS5.5 a CS6, ale také starší binární soubory .fla uložené v aplikaci Flash CS4 a ve starších verzích.

Aplikace Animate při ukládání i nadále nabízí možnosti uložení do formátu dokumentu Animate (.fla) nebo do formátu nekomprimovaného dokumentu (.xfl). Výsledný soubor XFL je interně označen verzí souboru aplikace Animate. Protože však aplikace Flash CS5.5 a starší verze umí otevírat také novější verze souborů XFL, aplikace Flash CS5.5 a Flash CS6 mohou otevírat také soubory aplikace Animate. Kvůli tomu nebudou v rozevíracím seznamu uvedeny možnosti Uložit jako typ, které slouží k přímému uložení do starší verze aplikace Animate.

Jak je popsáno níže, některé funkce jsou v Animate zastaralé. To může mít vliv na soubory, které byly vytvořeny ve starších verzích aplikace Animate. Proto je nutné provést potřebné změny těchto souborů ve starší verzi aplikace Animate, než je otevřete v aplikaci Animate.

Pokud otevřete soubor vytvořený pomocí starší verze aplikace Animate, můžete se setkat s funkcí, která již není v aplikaci Animate podporována. Zobrazí se také varovná zpráva se stejným oznámením. Pokud potvrdíte, že chcete v převodu pokračovat, Animate zastaralý obsah automaticky převede na podporovaný typ obsahu. Pokud taková situace nastane, zobrazí Animate varování, abyste mohli soubor uložit pod jiným názvem. Díky tomu je možné uchovávat archivní kopii původního souboru, přičemž původní obsah zůstane nedotčen.

Při převodu zastaralých funkcí se aplikace Animate pokouší zachovat vizuální podobu původního obsahu. Po převodu však některé funkce dostupné v původním obsahu nemusí být k dispozici:

1. Inverzní kinematika bude převedena na animace snímek po snímku.
2. Text TLF bude převeden na klasický, statický text.. Text TLF vložený do souborů PSD nebo AI bude při importu do aplikace Animate také převeden na klasický text.
3. ActionScript 1 / ActionScript 2:
   1. Volba Nastavení publikování je v jazyce ActionScript 3 výchozí:
   2. Kód AS2 připojený k libovolné instanci ve vymezené ploše bude odstraněn (protože akce v instancích nejsou v jazyce AS3 podporovány).
   3. Komponenty AS2 budou přeneseny jako zástupci, ale nelze je použít k vytvoření nového obsahu ve vymezené ploše. V jazyce AS3 také generují chyby kompilace.